No 1997. līdz 2019. gadam Par savu galveno mērķi jaunais galvenais režisors A. Hermanis izvirzīja teātra piedāvājuma kvalitāti un demokratizāciju, kur radošus eksperimentus līdzsvaro plašākai publikai pieejamas izrādes.
A. Hermanis atgriezās pie stabilas 17 aktieru trupas, kur E. Kļaviņai, R. Razumai, A. Reinfeldam, K. Anusevičam un M. Apinei piepulcējas Sanktpēterburgas teātra mākslas akadēmiju beigusī Guna Zariņa, Latvijas Kultūras akadēmijas (LKA) absolventi Baiba Broka, Andris Keišs, Kaspars Znotiņš, Ģirts Ēcis, Māris Liniņš, J. Rijnieka aktieru kursa beidzēja Sandra Kļaviņa, Daugavpils teātra kursa beidzēji Vilis Daudziņš, Ģirts Krūmiņš, Vigo Roga un Andis Strods, kā arī Aurēlija Anužīte. 1999. gadā trupai pievienojās bijusī Dailes teātra aktrise Agnese Zeltiņa, bet 2000. gadā – Dailes teātra 7. studijas absolvents Gundars Āboliņš.
Štata režisores vietu 1997. gadā atstāja Māra Ķimele, savukārt no 1997. līdz 2000. gadam šo pozīciju ieņēma Viesturs Kairišs, kurš iestudēja vairākas novatoriskas, uz metafizisku, uzsvērti vizuālu teātra valodu orientētas izrādes, no kurām nozīmīgākās ir Rūdolfa Blaumaņa "Skroderdienas Silmačos" (1998), Fjodora Dostojevska “Idiots” (Федор Михайлович Достоевский, Идиот, 1999), Māras Zālītes “Margarēta” (2001) un Ingas Ābeles “Tumšie brieži” (2001).
A. Hermaņa vadībā JRT drīz kļuva par Latvijas teātra mākslas epicentru, kam par uzticīgu publiku izdevies padarīt jauniešus un inteliģenci. 90. gados un 21. gs. sākumā tapa vairākas nozīmīgas A. Hermaņa izrādes, kurās režisors turpināja eksperimentēt ar dažādām teātra valodām: Alekseja Arbuzova “Mans nabaga Marats” (Алексей Николаевич Арбузов, Мой бедный Марат, 1997), Toma Stoparda “Arkādija” (Tom Stoppard, Arcadia, 1998), “XX gadsimts. Поезд – призрак. Vision Express” (1999), Jaroslava Ivaškēviča “Vilkumuižas jaunkundzes” (Jarosław Iwaszkiewicz, Panny z Wilka, 2000).
Par teātra starptautisko izrāvienu kļuva Nikolaja Gogoļa “Revidenta” iestudējums (Николай Васильевич Гоголь, Ревизор, 2002), kas padarīja JRT par Latvijas teātra seju ārvalstīs un piedzīvoja 286 izrādes visā pasaulē, atnesot A. Hermanim arī prestižā Zalcburgas Teātra festivāla (Salzburger Festspiele) balvu – tā dibinātāja, izcilā 20. gs. režisora Maksa Reinharda (Max Reinhardt) pildspalvu.
Vēl vienu pagrieziena punktu iezīmē A. Hermaņa un JRT aktieru kopdarbs – izrāde “Garā dzīve” (2003), kas arī guva plašus starptautiskus panākumus un aizsāka teātra interesi par latvisko identitāti un “mazā cilvēka” dzīvi.
Sākot ar “Garo dzīvi”, JRT nostiprinājās jauns darba modelis, kurā aktieri kļuva par izrāžu līdzautoriem, veicot patstāvīgu izpēti un radot oriģinālu dramaturģisko materiālu, kā arī iestudējot etīdes. Kolektīvā darbā tapa izcilās izrādes “Latviešu stāsti” (2004), “Latviešu mīlestība” (2006), “Klusuma skaņas” (2007), “Zilākalna Marta” (2009), “Vectēvs” (2009), “Kapusvētki” (2010), “Melnais piens” (2010), “Ziedonis un Visums” (2010).
Paralēli A. Hermanis pievērsās krievu klasikas un jaunākās literatūras izpētei, kas rezultējās Vladimira Sorokina romāna “Ledus” (Владимир Георгиевич Сорокин, Лёд) iestudējumā “Ledus. Kolektīva grāmatas lasīšana ar iztēles palīdzību Rīgā” (2005), Tatjanas Tolstajas stāsta “Soņa” uzvedumā (Татьяна Никитична Толстая, Соня, 2007), Ivana Gončarova romāna “Oblomovs” skatuves versijā (Иван Александрович Гончаров, Обломов, 2011) un izrādē “Oņegins. Komentāri” (2012) pēc Aleksandra Puškina romāna dzejā “Jevgēņijs Oņegins” (Александр Сергеевич Пушкин, Евгений Онегин) motīviem.
2003. gadā JRT atgriezās Māra Ķimele un turpmākajos gados iestudēja dažus no saviem nozīmīgākajiem darbiem: Augusta Strindberga “Jūlijas jaunkundzi” (August Strindberg, Fröken Julie, 2004) ar A. Hermani Žana lomā, Ivana Turgeņeva “Mēnesi uz laukiem” (Иван Сергеевич Тургенев, Месяц в деревне, 2005) un V. Šekspīra “Otello” (Othello, 2011).
Pēc A. Hermaņa aicinājuma JRT iestudējuši arī vairāki viesrežisori: Gatis Šmits, Viesturs Meikšāns, Inese Mičule, Gaļina Poliščuka, Baņuta Rubesa, Regnārs Vaivars, Andrejs Jarovojs, Elīna Cērpa, Pēteris Krilovs, Ilze Olingere, Uldis Tīrons, Mārcis Lācis u. c., kā arī aktieri Ģirts Ēcis, Varis Piņķis, Maija Apine, Kristīne Krūze.
2004. gadā JRT trupai pievienojās Jana Čivžele, Ivars Krasts, Inga Alsiņa, Gatis Gāga, Varis Piņķis, Iveta Pole, Edgars Samītis, Liena Šmukste (LKA) un aktieris Jevgēnijs Isajevs. 2007. gadā ansambli papildināja Kristīne Krūze (LKA).
2012. gadā teātrī ar izrādi “Tumšās alejas” pēc Ivana Buņina (Иван Алексеевич Бунин) stāstu motīviem sevi pārliecinoši pieteica Vladislavs Nastavševs. Tai sekoja izrāde “Peldošie – ceļojošie” (2014) pēc Mihaila Kuzmina tāda paša nosaukuma romāna (Михаил Алексеевич Кузмин, Плавающие путешествующие) un autordarbs “Cerību ezers” (2015), kas apliecināja V. Nastavševu kā vienu no spilgtākajiem mūsdienu Latvijas režisoriem. V. Nastavševa režisorisko interešu lokā ir mākslas un dzīves attiecības, kā arī seksualitātes izpēte, savukārt rokrakstam raksturīga stilizācija, teatralitāte, estetizācija, fiziskā teātra elementi un ļoti augsta atklātības pakāpe.
Tikmēr no 2014. līdz 2017. gadam A. Hermanis arvien vairāk pievērsās teātra un operas režijai teātros un festivālos ārpus Latvijas. Šajā laikā ievērojamākais viņa iestudējums JRT ir monoizrāde “Brodskis/Barišņikovs”, kurā Josifa Brodska (Иосиф Александрович Бродский) dzeju izpilda un izdejo pasaulslavenais baletdejotājs Mihails Barišņikovs (Михаил Николаевич Барышников).
No 2017./2018. gada sezonas JRT darbojas pagaidu telpās Miera ielā 58a, kamēr vēsturiskā ēka Rīgas centrā nodota rekonstrukcijai.
Jaunu posmu JRT simboliski iezīmēja 2018. gada vasara, kad LKA uzņēma pirmo JRT aktieru kursu ar 18 jauniešiem, no kuriem daļa redzama A. Hermaņa iestudējumā “Kalpa zēna vasara. Sākums” (2018) pēc Jāņa Akuratera bērnības atmiņu stāsta “Kalpa zēna vasara” motīviem.
2019. gadā JRT trupā strādā Gundars Āboliņš, Baiba Broka, Jana Čivžele, Vilis Daudziņš, Jevgēnijs Isajevs, Andris Keišs, Elita Kļaviņa, Sandra Kļaviņa, Ivars Krasts, Ģirts Krūmiņš, Marija Linarte, Regīna Razuma, Inga Tropa, Toms Veličko, Guna Zariņa un Kaspars Znotiņš.